Im Bayerischen Wald gibt es noch zwei Durchgangsstrecken, die beide in die Tschechische Republik führen: von Schwandorf nach Furth.i.W. und von Deggendorf nach Bayerisch Eisenstein. Von diesen beiden Strecken zweigen verschiedene Stichbahnen nach Waldmünchen, Lam, Grafenau, Viechtach und Bodenmais ab.
Zwiesel
Bayr.Eisenstein/ tschechischer Bahnhofsteil
Bayr.Eisenstein
Frauenau (Strecke Zwiesel-Grafenau)
Furth i.W.
Furth i.W.
bei Zwiesel (Strecke Grafenau-Zwiesel)
Reisachmühle (Strecke Zwiesel-Bodenmais)
Langdorf (Strecke Zwiesel-Bodenmais)
Langdorf (Strecke Zwiesel-Bodenmais)
Grafenwiesen (Strecke Cham – Lam)
Spiegelau (Strecke Zwiesel-Grafenau)
Sumpering (Strecke Deggendorf – Bayerisch Eisenstein)
Lam (Strecke Cham-Lam)